经过明查暗访，林屹摸清山贼头子金胜是都司衙门骑射，与仇某是至交好友，可以断定此次抢粮案是由组织有预谋精心策划的。于是林屹果断下令先诱捕仇某，但仇某抵死不认，后找来仇某小妾指认，又拿出与金胜的来往信件，仇某只得承认，但拒不供认幕后指使。陈修文闻听仇某被抓，惊慌失措，密令金胜洗掠黎城县，形成造反事实。逼迫朝廷出兵，扩大事态，好栽赃林屹迫使朝廷停止移民。林屹得知陈要调兵攻打山寨，为救数千百姓，林屹决定孤身涉险上山劝降。马媛拼命阻拦未果，遂尾随林屹上山，陈修文闻知，又生毒计，绑架马媛……
大槐树分集介绍 第二十二集陈修文趁林屹上山之际，马媛被绑架之乱，派人从狱中救出仇某。林屹孤身在山寨苦劝金胜等放下武器归顺朝廷，金胜犹豫不决，陈修文怕金胜反悔，一面高官厚禄利诱，一面又以金胜儿子性命威胁。逼金胜杀掉林屹。山寨诸百姓本不想与朝廷对抗，听从林屹劝说纷纷动摇。但金胜为救儿子性命，决定杀掉林屹，不想遭到众人反对。金胜孤注一掷亲自动手，为保护林屹二喜受重伤。苏舜卿乔装上山趁乱杀死金胜。此时奉马媛之命的援兵也赶到，百姓纷纷投降下山。一场暴乱终于在林屹的努力下得以平息。
得知金胜已死，陈修文命仇某赶快离开潞安，仇在城门处被等候多时的马成擒获，为杀人灭口，掩盖鼓动民变的大罪。陈修文狠心派人去牢房杀死外甥仇某，以掐断林屹追查的线索。
大槐树分集介绍 第二十三集林屹接到牢头报告仇某在牢中自杀，从牢头言辞中林屹对牢头产生怀疑，派人跟踪牢头。陈修文一面鼓动仇妻找林屹闹事，一面上书朝廷诬陷林屹逼死朝廷命官，林屹深感要追出元凶，只有从牢头入手，夜捕夜捕牢头。正要审问，突接洪洞禀报，林屹舅舅为报复林屹没收其粮食之事，伙同林峻雇人欲烧移民粮库时被朱推官所抓。林屹又气又恨，只好赶回洪洞处理此事。
贫苦百姓看到移民确实能给自己带来好处，踊跃报名，自愿移民。从山西迁移百姓已成定局。但移民与当地居民在风俗习惯上的冲突却浮出水面，山东齐河移民辛勤耕作，终于丰衣足食，粮食多了，移民们思乡情难断，决定在齐河修建关帝庙，以寄托思乡之情，不想吏部主事的儿子怀恨修渠之事，污蔑移民修庙是断了山东人龙脉，怂恿当地居民强行拆庙，移民与当地居民持械相对。
黄大喜一家高高兴兴迁移到河南宝丰，没想到宝丰却是有地无房，为尽快安家落户，移民们开始盖间房屋，不想当地村长欺负移民，不许移民建房。黄大喜内心不服，去找里长理论，却被抓进大牢，移民路上被黄大喜救助的民女乔玉凤，气愤难当，赶到县衙击鼓鸣冤……
大槐树分集介绍 第二十四集移民计划渐渐步入正轨，忽然传来消息，前往淮南的数万民众大量回流，移民初到淮南，淮南王不仅不按朝廷规定给地给粮，反而逼迫移民交税，移民无法生存，只有逃回山西，数万移民将所有怨愤发泄到移民署，会集移民署外，要求严惩林屹。陈修文得报，惊喜万分。密谋派人去洪洞县，逼迫县令抓捕移民，声言要严惩领头之人诬陷移民造反，妄图扩大事态，引发民变好栽赃林屹。回流移民不明真相，见官府抓人，群情激愤，与官兵发生冲突，血案就要酿成，林屹赶到洪洞，向移民赔礼道歉，严斥洪洞地方官，勒令释放被抓移民，并向移民发银发粮，安抚民心，事态得以平息。
移民回流之事，使林屹接受教训，明白了移民要办好，一定要先将移民地事先安置。遂决定亲去淮南办理安置事宜，林屹要独会骄横的淮南王。
大槐树分集介绍 第二十五集陈修文得知林屹去淮南，密报胡岩，要胡岩联络淮南王共同对付林屹。马媛得知消息，放心不下，尾随陈修文奔赴淮南。林屹等路经河南开封，遇到淮南王派遣的杀手冒充移民劫路，幸得悄悄尾随林屹的苏舜卿及时通报开封知府。在生死攸关时官兵赶到捕杀了淮南五杀手。从开封知府处林屹得知胡链原是淮南王妃的弟弟，王妃发誓定要杀林屹，为胡链报仇。林屹深知前途险恶，太子因移民回流之事，奏请朱元璋处置淮南王，朱元璋顾虑亲情，不忍处置。林屹最强大的后盾产生动摇，移民大计面临夭折危险，何去何从，林屹焦虑万分。
在淮南丁家集，林屹目睹移民困境，决心不畏艰险，一定要安置好移民，林屹怒斥淮南知府丁健不顾移民死活，丁健有苦难言，同僚据理与林屹例证，林屹才知丁健因为拒绝执行淮南王强征移民赋税的命令，几次险些被淮南王所杀。林屹明白自己错怪了丁健，二人握手言和。面对饥寒交迫的移民，二人决定冒死开官仓放粮，拯救移民。这时淮南王派人来抓丁健，被林屹强行阻止，淮南王闻报暴跳如雷……
