谜团一：秦始皇遗体完好吗?20世纪70年代中期长沙马王堆汉墓“女尸”的发现震惊中外。其尸骨保存之完好举世罕见。由此，有人推测秦始皇的遗体也会完好地保存下来。虽然客观上具备保护遗体条件，但秦始皇遗体是否完好地保存下来呢?
如果单从遗体保护技术而言，相距秦代不足百年的西汉女尸能很好地保护下来，秦代也应具备保护遗体的防腐技术。问题是秦始皇死在出巡途中，而且更糟的是正值酷暑时节，“尸体”未运多远，便发出了熏人的腥味，经过50余天的长途颠簸，尸骨才运回咸阳发丧。
根据当代遗体保护经验，一般遗体保护须在死者死后即刻着手处理。如若稍有延误，尸体本身已开始变化，恐怕再先进的技术也无能为力。秦始皇遗体途中就开始腐败，尸体运回咸阳等不到处理恐怕早已面目全非了。据此推测秦始皇遗体保存完好的可能性很小。
谜团二：地宫设有几道门?秦陵地宫门道数量问题，其实《史记》中似乎早有答案。只是未引起学者们的重视罢了。《史记》清楚的记载：“大事毕，已藏，闭中羡，下外羡门，尽闭工匠藏，无复出者。”棺椁及随葬品全部安置放在中门以内。
工匠正在中门以内忙活，突然间“闭中羡门，下外羡门。”工匠“无复出者”，也成了陪葬品。这里涉及既有中羡门，又有外羡门，其中内羡门不言自明。地宫三道门似乎无可辨驳。
值得注意的是司马迁中羡门用了个“闭”字，外羡门则有了个“下”字，说明中羡门是可以开合的活动门，外羡门则是由上向下放置的。中羡门可能是横向镶嵌在两壁的夹槽中，是一道无法开启的大石门。内羡门可能与中羡门相似。三道羡门很可能在一条直线上。
谜团三：“上具天文”作何解释?秦陵地宫“上具天文，下具地理”的记载出自《史记》，其含义是什么?着名考古学家夏鼐先生曾推断：“‘上具天文，下具地理 ’应当是在墓室顶绘画或线刻日、月、星象图，可能仍保存在今日临潼始皇陵中。”
近年来，西安交大汉墓发现了类似于“天文”“地理”的壁画。上部是象征天空的日、月、星象，下部则是代表山川的壁画。由此推断，秦陵地宫上部可能绘有更为完整的二十八星宿图，下部则是以水银代表的山川地理。在这座有着象征天、地的地下“王国”里，秦始皇的灵魂照样可以“仰观天文，俯察地理”，统治着这里的一切。
谜团四：地宫埋“水银”之谜。始皇陵以水银为江河大海的记载见于《史记》，《汉书》中也有类似的文字。然而，陵墓中究竟有没有水银始终是一个谜。现代科技的发展为验证秦陵地宫埋水银这一千古悬案提供了必要的前题条件。地质学专家常勇、李同先生先后两次来始皇陵采样。经过反复测试，发现始皇陵封土土壤样品中果然出现“汞异常”，相反其它地方的土壤样品几乎没有汞含量。科学家由此得出初步结论：《史记》中关于始皇陵中埋藏大量汞的记载是可靠的。现代科技终于解开了地宫埋“水银”的千古谜案。至于地宫为何要埋入大量水银?北魏学者郦道元的解释是“以水银为江河大海在于以水银为四渎、百川、五岳九州，具地理之势。”原来是以水银象征山川地理，与“上具天文”相对应。
谜团五：地宫珍宝知多少?“奇器珍怪徙藏满之”一语出自司马迁笔下。早于司马迁的大学者刘向也曾发出过这样的深切感叹：“自古至今，葬未有如始皇者也。”那么，这座神奇的地宫珍藏了哪些迷人的珍宝呢?《史记》明文记载的有“金雁”、“珠玉”、“翡翠”等。其它还有什么稀世之宝谁也不清楚。不过80 年代末考古工作者在地宫西侧发掘出土了一组大型彩绘铜车马。车马造型之准确，装饰之精美举世罕见。
之前，考古工作者还发掘出土了一组木车马，除车马、御官俑为木质外，其余车马饰件均为金、银、铜铸造而成。地宫外侧居然珍藏了如此之精美的随葬品，那么，地宫内随葬品之丰富、藏品之精致是可想而知的。
