沙漠宝石
科学家对图坦卡蒙法老的圣甲虫宝石颇感兴趣，认为它形成时间早于埃及文明。他们猜测这种绚丽宝石可能形成于撒哈拉沙漠陨星碰撞或者陨星空中爆炸，但由于未在撒哈拉沙漠发现任何碰撞陨坑，从而认为陨星在地球大气层爆炸的可能性较大，火球使撒哈拉沙粒温度达到1.8万摄氏度，最终融化成神秘晶体。
神秘蜘蛛艺术
埃及西部沙漠发现破损的蜘蛛艺术品碎片，卢克索西部175公里处赫迦绿洲一块砂岩上描述着神秘古老的蜘蛛岩石艺术，在黎明时分，可以看到岩石上的绘画类似于蜘蛛网和蜘蛛，甚至诱捕的猎物。埃及古物学家认为，这些远古蜘蛛艺术的历史可追溯至公元前4千年，甚至早于史前文明。
纳布塔普拉雅石阵
位于撒哈拉沙漠的纳布塔普拉雅石阵(Nabta Playa)历史甚至比史前巨石阵早1000多年，该石阵包含着竖立和平置的石柱，这些石柱重量达到数吨，一些高度达到2.7米。考古学家认为是6000-6500年前未知石器时代人类建造的，可能是迄今最古老的天文测算巨石结构。
皮斯科洞
由于秘鲁皮斯科洞邻近纳斯卡线条，其知名度并不高，皮斯科洞位于秘鲁皮斯科峡谷沙漠干旱地区，是数千个锥形洞结构，迄今为止考古学家并不知道是何人建造的。一些理论认为，这是某些神秘古代居民建造的粮仓或者坟墓，但事实上它的深度达到两米，不太可能用于存储食物或者掩埋尸体。
阿塔卡马沙漠硝酸盐
达尔文曾称阿塔卡马沙漠是一个“什么都不存在的地方”，这个南美沙漠被认为是地球上最干旱的地区，但是这里拥有世界上数量最多的硝酸盐和碘沉积物。可能的解释是这些矿物质与太平洋50公里有关，大气氮通过结合土壤和盐，转变成为硝酸盐;本地山脉上升时，远古富含矿物质的水涌至地表。
未知人类物种
2011年，科学家在肯尼亚沙漠荒地发现迄今最古老的人造石制工具，这项发现证实远古工具并非是由早期现代人类制造的。149块石制工具的历史可追溯至330万年前，当时并不存在人类祖先，科学家猜测这可能是由一支未知远古人类物种制造的。
叙利亚遗迹
叙利亚一处沙漠废墟遗址的历史比埃及金字塔更古老，距离叙利亚首都大马士革80公里，其历史可追溯至5000年前，与这处废墟遗址相比，大马士革是一座“年轻的城市”。2009年，考古学家罗伯特-梅逊发现附近石块的历史比预想得更古老，可能有6000-10000年历史。相比之下埃及吉萨金字塔大约有4500年历史。
美国四角区域的神秘气体
2003年，甲烷气体监控卫星发现美国四角区域释放出大量的温室气体，四角区域是科罗拉多州、新墨西哥州、亚利桑那州和犹他州交界的沙漠地带，数据显示四角区域释放甲烷气体相当于美国每年释放甲烷气体的10%，并且这一现象持续6年之久。目前，研究人员猜测这与当地4万口天然气井有关。
奇特的墓室
2005年，埃及国王谷发现一个3千年前神秘墓室，这是一个简单的石灰岩墓室，里面有28个罐子和7具棺材，它们都被细致地密封起来，一些罐子和棺材上绘有黄色面孔图案，但是考古学家打开罐子和棺材之后发现里面并没有任何尸体，而是岩石、衣物、木材等，甚至一具棺材中还放置着另一具棺材。
仙女圈
纳米比亚沙漠分布着数百万个圆圈状结构，其边缘分布着高度至膝盖的草，但是圆圈中心却是光秃秃的。多年以来，科学家对此迷惑不解，曾有多种解释理论白蚁吞食营养物质所致;斑马等动物的栖息地;有毒植物和真菌杀死圆圈中的植物等。目前研究认为，神秘沙漠仙女圈是植被争夺营养物质的结果。
